體制風險是指由于政府部門強行對企業(yè)并購大包大攬，背離市場原則，使得并購難以達到預期效果而帶來的風險。

從運作機制上看，體制風險具有潛在性和系統整體性的特點，體制風險的潛在性是指體制風險生成與擴散的社會基礎。例如，它可以通過政府的組織管理方式和政府運作這一環(huán)節(jié)，影響高新技術項目的宏觀管理和具體決策，從而導致政策失誤和決策風險；可以通過政策法規(guī)的制定以及市場監(jiān)管這一環(huán)節(jié)影響市場運行，從而給農業(yè)高新技術項目運行和企業(yè)經營帶來市場風險等等。體制風險的系統整體性是指其作用的廣泛性和深遠性，它不是某個高技術企業(yè)或項目單獨面臨的風險。企業(yè)只能通過加強管理、減弱體制風險的影響程度，卻無法完全規(guī)避或化解這種風險，因此，體制改革是防范和化解農業(yè)高新技術風險投資風險的根本性措施。

1．產權制度風險

風險投資者投資于農業(yè)高新技術企業(yè)的目的是為了獲得高額風險報酬，而這是以產權能迅速變現為前提的，而產權的高流動性必須以產權明晰為基礎。在我國，以產權明晰為核心的現代企業(yè)制度尚處于起步階段，政企不分、政資不分、銀企不分的現象，使得農業(yè)高新技術投資的行為主體難以確定。這樣，一方面造成市場行為主體權利與責任的不對稱，缺乏對多個參與者有效的激勵與約束；另一方面造成決策環(huán)節(jié)上政府替企業(yè)決策，一旦投資失敗，卻又找不到承擔風險責任的具體組織或個人。所以，體制風險可能由于激勵不夠，使農業(yè)高新技術風險投資的資金和人才供給不足，也可能由于約束無力帶來決策的失誤和管理的混亂。

2．科技管理體制風險

目前我國農業(yè)高新技術研究開發(fā)沿用的是政府科研機構和高等院校向政府立項研究，取得成果，然后轉化到企業(yè)實現產業(yè)化的舊體制，形成農業(yè)高新技術的研究開發(fā)主體和產業(yè)化實施主體的分離。這種狀況一方面使高校和科研院所的研究開發(fā)活動缺乏明確的市場導向和必需的產業(yè)基礎；另一方面，也使農業(yè)高新技術產業(yè)化活動得不到后續(xù)開發(fā)活動的支持，從而面臨投資收益無法實現的高風險。此外，農業(yè)高新技術研究開發(fā)主體和產業(yè)化主體的分離狀況，需要通過市場交易來維系農業(yè)高新技術產業(yè)化高效連續(xù)的進程，但我國農業(yè)技術市場發(fā)育不良，其推動高技術成果向生產力轉化的“中介”功能不完善。科技管理體制的缺陷與技術市場功能不健全的雙重作用，進一步加大了農業(yè)高新技術產業(yè)風險投資的風險。

3．分配制度風險

要激發(fā)農業(yè)高新技術人才和管理人才的創(chuàng)業(yè)、創(chuàng)新精神，關鍵是要建立起技術入股制度、科技人員持股經營制度、管理層期權制度等，形成與國際慣例接軌的、符合農業(yè)高新技術產業(yè)特點的、以保護知識產權為核心的分配制度，使技術和成果真正成為生產力要素，并在參與企業(yè)的經營和分配中獲得它的應有價值。在許多西方發(fā)達國家，高技術企業(yè)從業(yè)人員的收入遠遠高于其他行業(yè)的人員，這種高收入主要是通過認股期權的市場變現來實現的。我國目前多數高技術企業(yè)員工的收入仍以工資為主，員工如何通過持有本公司股票獲得收益，還缺少相應的法律予以規(guī)范。技術入股在具體操作規(guī)程中還有一定的技術性障礙，這就使農業(yè)高新技術的創(chuàng)新人才難以得到應有的利益驅動。另外，風險基金管理人和風險企業(yè)管理層的報酬與投資的成功聯系不直接，也不緊密，在收益分配上存在“平均主義”、“大鍋飯”的現象。至于推行期股期權制，在公司股份不能上市交易的情況下，落實難度很大，這樣，也造成農業(yè)高新技術產業(yè)發(fā)展中人才供給不足。

4．公司型風險投資基金的制度風險

由于目前我國沒有合伙制法律，所以風險投資基金無一例外要采用公司制，但公司型風險投資基金在制度上存在一些缺陷，從而加大了風險投資的風險。首先，董事會的集中決策權與投資項目高度的信息不對稱，形成制度設計上新的不對稱，難以確保投資決策的科學性與正確性，即使董事會與管理層劃分權限，其弊端也在所難免。被投資的農業(yè)高新技術項目在技術、產品、市場、管理等方面的處于高度不確定狀態(tài)，并且變化急速，要求風險投資講究專業(yè)性、靈活性和時效性，而許多董事身為兼職，又非相關專家人士，也不持有公司股權，董事會不能經常召開，這勢必增大投資決策失誤的概率。當然，不排斥有的董事會虛設，管理層權力過大，為追求自己利益而侵蝕股東的利益。其次，董事會對管理層擁有較大的約束權(如罷免權)，嚴重限制了管理層的積極性。誠然，董事會擁有較大的限制權，有利于防止管理層的不良行為，但對于風險投資來說，管理層所負責的投資項目是中長期投資，如在投資成功之前，隨時有可能被解聘，必然誘發(fā)管理層的短期行為，同時也大大影響其經營的獨立性和穩(wěn)定。