中國海關總署是中國海關的領導機關，是國務院直屬機構，實行集中統(tǒng)一的垂直領導管理體制，統(tǒng)一管理全國海關。海關總署機關內設15個部門，并管理6個直屬事業(yè)單位、4個社會團體和3個駐外機構。中央紀委監(jiān)察部在海關總署派駐紀檢組監(jiān)察局。

垂直領導管理體制的特點主要體現(xiàn)在：中國海關總署的最高領導機關是海關總署，統(tǒng)一管理全國海關，中國海關總署最高行政領導是署長(現(xiàn)任海關總署署長牟新生);國家在對外開放口岸和海關監(jiān)管業(yè)務集中的地點設立海關，海關的隸屬關系不受行政區(qū)劃的限制;各地海關依法獨立行使職權，向中國海關總署負責，不受地方政府及其他機關干預。除廣東分署，天津、上海特派辦和海關院校外，全國共設有41個直屬海關。

1、研究擬定海關工作的方針、政策、規(guī)章和發(fā)展規(guī)劃并組織實施和監(jiān)督檢查；

2、研究擬定關稅征管條例及實施細則，組織實施進出口關稅及其他稅費的征收管理，依法執(zhí)行反傾銷、反補貼措施；

3、組織實施進出境運輸工具、行郵物品和其他物品的監(jiān)管，研究擬定加工貿易、保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅倉庫及其他業(yè)務的監(jiān)管制度并組織實施；

4、研究擬定進出口商品分類目錄，擬定進出口商品原產地規(guī)則，組織實施知識產權海關保護；

5、編制國家進出口貿易統(tǒng)計，發(fā)布國家進出口貿易統(tǒng)計信息；

6、統(tǒng)一負責打擊走私工作，組織查處走私案件，組織實施海關緝私；

7、研究擬定口岸對外開放的整體規(guī)劃及口岸規(guī)劃的具體措施和辦法，審理口岸開放；

8、垂直管理全國海關，包括管理全國海關的組織機構、人員編制、工資福利、教育培訓及署管干部任免；

9、研究擬定海關科技發(fā)展計劃，組織實施海關信息化管理，管理全國海關經費、固定資產和基本建設；

10、開展海關領域的國際合作與交流；

11、承辦國務院交辦的其他事項。