中國(guó)海關(guān)總署是中國(guó)海關(guān)的領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)，是國(guó)務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)，實(shí)行集中統(tǒng)一的垂直領(lǐng)導(dǎo)管理體制，統(tǒng)一管理全國(guó)海關(guān)。海關(guān)總署機(jī)關(guān)內(nèi)設(shè)15個(gè)部門(mén)，并管理6個(gè)直屬事業(yè)單位、4個(gè)社會(huì)團(tuán)體和3個(gè)駐外機(jī)構(gòu)。中央紀(jì)委監(jiān)察部在海關(guān)總署派駐紀(jì)檢組監(jiān)察局。

垂直領(lǐng)導(dǎo)管理體制的特點(diǎn)主要體現(xiàn)在：中國(guó)海關(guān)總署的最高領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)是海關(guān)總署，統(tǒng)一管理全國(guó)海關(guān)，中國(guó)海關(guān)總署最高行政領(lǐng)導(dǎo)是署長(zhǎng)(現(xiàn)任海關(guān)總署署長(zhǎng)牟新生);國(guó)家在對(duì)外開(kāi)放口岸和海關(guān)監(jiān)管業(yè)務(wù)集中的地點(diǎn)設(shè)立海關(guān)，海關(guān)的隸屬關(guān)系不受行政區(qū)劃的限制;各地海關(guān)依法獨(dú)立行使職權(quán)，向中國(guó)海關(guān)總署負(fù)責(zé)，不受地方政府及其他機(jī)關(guān)干預(yù)。除廣東分署，天津、上海特派辦和海關(guān)院校外，全國(guó)共設(shè)有41個(gè)直屬海關(guān)。

1、研究擬定海關(guān)工作的方針、政策、規(guī)章和發(fā)展規(guī)劃并組織實(shí)施和監(jiān)督檢查；

2、研究擬定關(guān)稅征管條例及實(shí)施細(xì)則，組織實(shí)施進(jìn)出口關(guān)稅及其他稅費(fèi)的征收管理，依法執(zhí)行反傾銷(xiāo)、反補(bǔ)貼措施；

3、組織實(shí)施進(jìn)出境運(yùn)輸工具、行郵物品和其他物品的監(jiān)管，研究擬定加工貿(mào)易、保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅倉(cāng)庫(kù)及其他業(yè)務(wù)的監(jiān)管制度并組織實(shí)施；

4、研究擬定進(jìn)出口商品分類(lèi)目錄，擬定進(jìn)出口商品原產(chǎn)地規(guī)則，組織實(shí)施知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)；

5、編制國(guó)家進(jìn)出口貿(mào)易統(tǒng)計(jì)，發(fā)布國(guó)家進(jìn)出口貿(mào)易統(tǒng)計(jì)信息；

6、統(tǒng)一負(fù)責(zé)打擊走私工作，組織查處走私案件，組織實(shí)施海關(guān)緝私；

7、研究擬定口岸對(duì)外開(kāi)放的整體規(guī)劃及口岸規(guī)劃的具體措施和辦法，審理口岸開(kāi)放；

8、垂直管理全國(guó)海關(guān)，包括管理全國(guó)海關(guān)的組織機(jī)構(gòu)、人員編制、工資福利、教育培訓(xùn)及署管干部任免；

9、研究擬定海關(guān)科技發(fā)展計(jì)劃，組織實(shí)施海關(guān)信息化管理，管理全國(guó)海關(guān)經(jīng)費(fèi)、固定資產(chǎn)和基本建設(shè)；

10、開(kāi)展海關(guān)領(lǐng)域的國(guó)際合作與交流；

11、承辦國(guó)務(wù)院交辦的其他事項(xiàng)。