企業(yè)創(chuàng)新運行機制主要包括創(chuàng)新管理的組織機構、運行程序和管理制度。一個良好的創(chuàng)新運行機制，能夠使企業(yè)創(chuàng)新活動在正確決策下得以持續(xù)不斷地高質量、高效率地運行。在運行機制建設方面，企業(yè)應建立一套能夠有效進行決策、指揮、控制、信息反饋的組織、制度和各種人才的合理結構企業(yè)內部有很多組織環(huán)節(jié)，有各類管理人員、技術人員、各職能科室、生產(chǎn)車間、還有質量檢驗、計量等機構，這些人員和機構成為一個有機協(xié)調的整體，企業(yè)才能是吸納創(chuàng)新的要求。

創(chuàng)新運行過程由四個階段組成。

1，創(chuàng)新思想階段。

創(chuàng)新在此時只是一種創(chuàng)新思想。這種創(chuàng)新思想是由企業(yè)長期發(fā)展戰(zhàn)略的預期而來，企業(yè)必須認識“發(fā)展差距”和“發(fā)展問題”，并為創(chuàng)新者創(chuàng)造一種產(chǎn)生創(chuàng)新思想的良好環(huán)境，其中最重要的是要為創(chuàng)新者提供時間和信息兩類資源，同時企業(yè)必須有一個專門的發(fā)研機構來收集、處理和管理新思想。

2，概念開發(fā)階段。

在這一階段，創(chuàng)新思想轉化為創(chuàng)新精神。并且，在創(chuàng)新思想指導下，通過創(chuàng)新策劃對其可行性按照技術、市場和創(chuàng)新組織方面的條件加以論證。于是，創(chuàng)新的技術、市場和組織方面得以策定。同時，創(chuàng)新項目領導者要使創(chuàng)新思想更有說服力，創(chuàng)新領導者要以創(chuàng)新精神鼓舞并組織創(chuàng)新者、下屬和創(chuàng)新專家投入到創(chuàng)新活動中來；更要鼓勵職工在縱向和橫向兩方面進行創(chuàng)新合作。

3，開發(fā)試制階段。

此時，創(chuàng)新開發(fā)方案進入試制產(chǎn)品。試制也是實驗，成功之后就要開展投資策劃、投資決策并用企業(yè)計劃和預算保證開發(fā)決策的實施，以便大規(guī)模生產(chǎn)新產(chǎn)品。在這一階段中，創(chuàng)新人才、資金和動力機制要緊密融合。同時，創(chuàng)新組織有別于企業(yè)營運組織的控制程序，要以鼓勵創(chuàng)新精神和解決創(chuàng)新過程中出現(xiàn)的問題為重點，而不去套用營運管理制度。同時，創(chuàng)新組織必須及時關注企業(yè)內外環(huán)境的新變化，以便改進或者修訂創(chuàng)新計劃。

4，開發(fā)生產(chǎn)階段。

在開發(fā)實驗成功之后，企業(yè)就要把創(chuàng)新開發(fā)與企業(yè)營運活動銜接起來。根據(jù)市場銷售數(shù)量的大小，決定新的生產(chǎn)線規(guī)模?；蛘呤墙ㄒ粋€新廠，或者是一個車間。這里，以下三種投資是關鍵的：

技術方面，獲得、制造生產(chǎn)設備的手段；

市場方面，營銷手段(如市場調查、廣告、推銷戰(zhàn)略、培訓用戶等)的開發(fā)；

組織方面，實行新的管理、監(jiān)督和決策程序，對從事創(chuàng)新項目的人員進行獎勵，獎勵應既有精神，如晉職、大張旗鼓進行表彰等，又有物質，如加薪、獎金、股權、期權等；既根據(jù)創(chuàng)新的最終結果，但又主要根據(jù)創(chuàng)新者的創(chuàng)造性、組織能力和風險態(tài)度。

從以上分析可看出，在企業(yè)創(chuàng)新運行機制建設方面，企業(yè)應建立一套能夠有效進行策劃、決策、計劃、協(xié)調、控制和信息反饋的組織、制度和各種人才的合理結構，形成既能夠調動創(chuàng)新所需的各種資源，又可以協(xié)調管理和實施創(chuàng)新過程中諸多環(huán)節(jié)的有機運行的組織系統(tǒng)，最終達到人盡其才、晉獎刺激、溝通順暢、合作有效，從而促進企業(yè)創(chuàng)新順利進行。目前，一些企業(yè)在組織機構上存在著條塊分割、各自為政等問題，嚴重妨礙了企業(yè)創(chuàng)新目標的實現(xiàn)，企業(yè)應在深化改革中努力地解決這個問題，建立知識、信息共享機制，使企業(yè)組織朝著扁平化、柔性化方向發(fā)展，從而提高企業(yè)整體創(chuàng)新能力。