內部機構設置權是指除法律或國務院另有規(guī)定的，企業(yè)有權決定內部機構的設立、調整，決定企業(yè)的人員編制，企業(yè)有權拒絕任何部門和單位提出的設置對口機構、決定人員編制和級別待遇的要求。

企業(yè)的內部機構設置權的性質實際上是指，企業(yè)根據生產經營的需要，按照精簡、效率、合理的原則，依法自行決定內部機構的組成及其人員編制的權利。

企業(yè)的內部機構設置權的具體內容包括：

(1)企業(yè)有權決定內部機構的設立、調整和撤銷，決定企業(yè)的人員編制。

(2)企業(yè)有權拒絕任何部門和單位提出的設置對口機構、規(guī)定人員編制和級別待遇的要求。任何侵犯企業(yè)的內部機構設置權的行為都是違法的行為，法律另有規(guī)定和國務院有特殊規(guī)定的除外。

(3)法律和國務院有特殊規(guī)定的，企業(yè)不能自行其是，必須設立。對于一般企業(yè)，《兵役法》、《中華人民共和國會計法》(以下簡稱《會計法》)、《人民調解委員會組織條例》、《治安保衛(wèi)委員會暫行組織條例》、《倉庫防火安全管理條例》、《國營企業(yè)成本管理條例》、《1爭計條例》等法律、法規(guī)要求企業(yè)設立相應機構，企業(yè)應當設立。此外，對于一些特殊行業(yè)企業(yè)，一些法律和法規(guī)要求設立相應機構的，企業(yè)也應設立相應機構。

內部機構設置權的具體原則是：

(1)從企業(yè)的規(guī)模、生產性質、技術復雜程度、生產經營范圍等實際情況出發(fā)，隨著這些特點的變化，適時地、謹慎地調整機構，與本企業(yè)的生產經營活動相適應。

(2)要體現(xiàn)精簡、效能的原則。在服從生產經營需要的條件下，力求減少管理層次，精簡機構和管理人員，建立精干有力的企業(yè)機構，提高工作效率。

(3)按照職能業(yè)務性質設置機構?，F(xiàn)代企業(yè)的管理職能較多，如計劃管理，生產管理，技術管理，勞動管理，財務管理等等。根據這些管理職能建立的機構，必須合理分工、密切配合。

(1)企業(yè)領導人應該加強“自主經營權”觀念，明確企業(yè)的內部機構設置權屬于企業(yè)自主經營權，除法律或國務院有特殊規(guī)定的，任何政府機構和政府官員都不得以任何借口干涉，對于政府機構和政府官員干涉企業(yè)內部機構設置權的行為，企業(yè)應主動抵制，不予執(zhí)行。

(2)對于已經發(fā)生的政府機構和政府官員干涉企業(yè)內部機構設置權的行為，企業(yè)領導人應該積極和政府機構溝通，或向其上級政府機關反映，促使撤銷其行政決定，保護企業(yè)內部機構設置權不受侵犯。

(3)對于通過溝通和反映仍無法撤消的干涉企業(yè)內部機構設置權的行政決定，企業(yè)應向人民法院提起行政訴訟，尋求司法保護。

(4)對于已構成犯罪的侵害企業(yè)的內部機構設置權的行為，企業(yè)可以向司法機關報案，要求司法機關依法追究侵害一方的刑事責任。