內部審計控制是指由單位內部審計部門所進行的控制。內部審計控制是內部控制的一個組成部分。其主要作用是對單位內部的各種經濟活動、管理制度是否合規(guī)、合理及有效進行獨立的評價，以確定既定的政策和程序是否貫徹、建立的標準是否遵循、資源的利用是否合理有效，以及單位的目標是否達到等。從這個意義上說，內部審計控制是對其他內部控制所進行的再控制。

目前，內部審計部門存在著三種隸屬關系，也可以說是三種組織結構的設置方式或控制方式：

1、內部審計部門直接受本公司董事會下設的審計委員會或監(jiān)事會的領導，內部審計人員不受企業(yè)經營業(yè)務部門和有關職能管理部門的約束而獨立性最高。

2、內部審計部門受企業(yè)總經理的領導，獨立性有所減弱但操作中更為有效。

3、內部審計部門受本企業(yè)財務總監(jiān)的領導，獨立性為三者之中最弱。

通常情況下，內部審計部門直屬領導的層次越高，內部審計的獨立性就越強，權威性也會越大。我國企業(yè)中，目前比較普遍采用的是第二種方式的領導體制。

1、保持審計的獨立性。內部審計控制在實施過程中，最關鍵也是最困難的是進行獨立的控制。

2、保持審計監(jiān)督的及時性，與外部審計控制形成互補之勢；

3、加強對子公司和下屬部門的審計監(jiān)督。這是內部審計的重點。