為了保證審計(jì)工作底稿的真實(shí)、完整和可靠，還應(yīng)對(duì)審計(jì)工作底稿建立嚴(yán)格的復(fù)核制度。因?yàn)?，一份審?jì)工作底稿往往由一位審計(jì)人員獨(dú)立完成的，編制者對(duì)資料的引用、對(duì)有關(guān)事項(xiàng)的判斷以及對(duì)有關(guān)數(shù)據(jù)的加總計(jì)算，都可能出現(xiàn)差錯(cuò)。所以，無(wú)論是國(guó)家審計(jì)還是社會(huì)審計(jì)都明確規(guī)定了對(duì)審計(jì)工作底稿的三級(jí)復(fù)核制度。

所謂的三級(jí)復(fù)核制度，是指審計(jì)工作底稿應(yīng)由項(xiàng)目經(jīng)理、部門經(jīng)理和審計(jì)機(jī)構(gòu)的主任會(huì)計(jì)師或?qū)Ｂ毜膹?fù)核機(jī)構(gòu)或復(fù)核人員對(duì)審計(jì)工作底稿進(jìn)行逐級(jí)復(fù)核的一種復(fù)核制度。

項(xiàng)目經(jīng)理（或者項(xiàng)目負(fù)責(zé)人）復(fù)核是三級(jí)復(fù)核制度重的第一級(jí)復(fù)核，稱為詳細(xì)復(fù)核。它要求項(xiàng)目經(jīng)理對(duì)下屬審計(jì)助理人員形成的審計(jì)工作底稿逐張復(fù)核，發(fā)現(xiàn)問題及時(shí)指出，并督促審計(jì)人員及時(shí)修改完善。

部門經(jīng)理（或者是簽字注冊(cè)會(huì)計(jì)師）是三級(jí)復(fù)核制度重的第二級(jí)復(fù)核，稱為一般復(fù)核。它是在項(xiàng)目經(jīng)理完成了詳細(xì)復(fù)核之后，再對(duì)審計(jì)工作底稿中重要會(huì)計(jì)賬項(xiàng)的審計(jì)、重要審計(jì)程序的執(zhí)行、以及審計(jì)調(diào)整事項(xiàng)等進(jìn)行復(fù)核。部門經(jīng)理復(fù)核是對(duì)項(xiàng)目經(jīng)理復(fù)核的一種再監(jiān)督，也是對(duì)重要審計(jì)事項(xiàng)的重點(diǎn)把握。

主任會(huì)計(jì)師（或者合伙人）復(fù)核是三級(jí)復(fù)核中的最后一級(jí)復(fù)核，又稱為重點(diǎn)復(fù)核。它是對(duì)審計(jì)過程中的重大會(huì)計(jì)師審計(jì)問題、重大審計(jì)調(diào)整事項(xiàng)及其重要的審計(jì)工作底稿進(jìn)行的復(fù)核。主任會(huì)計(jì)師復(fù)核既是對(duì)前面兩級(jí)復(fù)核的再監(jiān)督，也是對(duì)整個(gè)審計(jì)工作的計(jì)劃、進(jìn)度和質(zhì)量的重點(diǎn)把握。

如果部門經(jīng)理作為某一審計(jì)項(xiàng)目的項(xiàng)目負(fù)責(zé)人，該項(xiàng)目又沒有項(xiàng)目經(jīng)理參加，則該部門經(jīng)理的復(fù)核應(yīng)該視為項(xiàng)目經(jīng)理復(fù)核，主任會(huì)計(jì)師應(yīng)另行指定人員代為執(zhí)行部門經(jīng)理復(fù)核工作，以保證三級(jí)復(fù)核制度的徹底執(zhí)行。