為了保證審計工作底稿的真實、完整和可靠，還應(yīng)對審計工作底稿建立嚴格的復(fù)核制度。因為，一份審計工作底稿往往由一位審計人員獨立完成的，編制者對資料的引用、對有關(guān)事項的判斷以及對有關(guān)數(shù)據(jù)的加總計算，都可能出現(xiàn)差錯。所以，無論是國家審計還是社會審計都明確規(guī)定了對審計工作底稿的三級復(fù)核制度。

所謂的三級復(fù)核制度，是指審計工作底稿應(yīng)由項目經(jīng)理、部門經(jīng)理和審計機構(gòu)的主任會計師或?qū)Ｂ毜膹?fù)核機構(gòu)或復(fù)核人員對審計工作底稿進行逐級復(fù)核的一種復(fù)核制度。

項目經(jīng)理（或者項目負責(zé)人）復(fù)核是三級復(fù)核制度重的第一級復(fù)核，稱為詳細復(fù)核。它要求項目經(jīng)理對下屬審計助理人員形成的審計工作底稿逐張復(fù)核，發(fā)現(xiàn)問題及時指出，并督促審計人員及時修改完善。

部門經(jīng)理（或者是簽字注冊會計師）是三級復(fù)核制度重的第二級復(fù)核，稱為一般復(fù)核。它是在項目經(jīng)理完成了詳細復(fù)核之后，再對審計工作底稿中重要會計賬項的審計、重要審計程序的執(zhí)行、以及審計調(diào)整事項等進行復(fù)核。部門經(jīng)理復(fù)核是對項目經(jīng)理復(fù)核的一種再監(jiān)督，也是對重要審計事項的重點把握。

主任會計師（或者合伙人）復(fù)核是三級復(fù)核中的最后一級復(fù)核，又稱為重點復(fù)核。它是對審計過程中的重大會計師審計問題、重大審計調(diào)整事項及其重要的審計工作底稿進行的復(fù)核。主任會計師復(fù)核既是對前面兩級復(fù)核的再監(jiān)督，也是對整個審計工作的計劃、進度和質(zhì)量的重點把握。

如果部門經(jīng)理作為某一審計項目的項目負責(zé)人，該項目又沒有項目經(jīng)理參加，則該部門經(jīng)理的復(fù)核應(yīng)該視為項目經(jīng)理復(fù)核，主任會計師應(yīng)另行指定人員代為執(zhí)行部門經(jīng)理復(fù)核工作，以保證三級復(fù)核制度的徹底執(zhí)行。