為了保證審計工作底稿的真實、完整和可靠，還應對審計工作底稿建立嚴格的復核制度。因為，一份審計工作底稿往往由一位審計人員獨立完成的，編制者對資料的引用、對有關事項的判斷以及對有關數(shù)據(jù)的加總計算，都可能出現(xiàn)差錯。所以，無論是國家審計還是社會審計都明確規(guī)定了對審計工作底稿的三級復核制度。

所謂的三級復核制度，是指審計工作底稿應由項目經(jīng)理、部門經(jīng)理和審計機構的主任會計師或專職的復核機構或復核人員對審計工作底稿進行逐級復核的一種復核制度。

項目經(jīng)理（或者項目負責人）復核是三級復核制度重的第一級復核，稱為詳細復核。它要求項目經(jīng)理對下屬審計助理人員形成的審計工作底稿逐張復核，發(fā)現(xiàn)問題及時指出，并督促審計人員及時修改完善。

部門經(jīng)理（或者是簽字注冊會計師）是三級復核制度重的第二級復核，稱為一般復核。它是在項目經(jīng)理完成了詳細復核之后，再對審計工作底稿中重要會計賬項的審計、重要審計程序的執(zhí)行、以及審計調(diào)整事項等進行復核。部門經(jīng)理復核是對項目經(jīng)理復核的一種再監(jiān)督，也是對重要審計事項的重點把握。

主任會計師（或者合伙人）復核是三級復核中的最后一級復核，又稱為重點復核。它是對審計過程中的重大會計師審計問題、重大審計調(diào)整事項及其重要的審計工作底稿進行的復核。主任會計師復核既是對前面兩級復核的再監(jiān)督，也是對整個審計工作的計劃、進度和質量的重點把握。

如果部門經(jīng)理作為某一審計項目的項目負責人，該項目又沒有項目經(jīng)理參加，則該部門經(jīng)理的復核應該視為項目經(jīng)理復核，主任會計師應另行指定人員代為執(zhí)行部門經(jīng)理復核工作，以保證三級復核制度的徹底執(zhí)行。